增值税计算机检查系统发现涉嫌违规的发票共有六种情况。分别是：“比对不符”、“缺联”、“抵扣联重号”、“失控”、“作废”缺红字抵扣联”。

    (1)凡属于增值税计算机检查系统发现的上述涉嫌违规的发票，均不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。

    (2)属于“抵扣联重号”的发票，应送监督检查部门查处。

    (3)属于“比对不符”、“缺联”、“失控”、“作废”的发票，应移交监督检查部门处理。

    (4)属于“缺红字抵扣联”的发票，暂不移交监督检查部门。